精神分裂症的病因不太清楚，但是根据大量的研究，与几个因素有关，首先和遗传因素相关，其次和神经发育，比如脑结构微观的改变、脑功能改变密切相关，还与脑神经的神经递质有关，包括五-羟色胺、多巴胺、氨基酸神经类递质有关，和脑发育也有一定的关系。
和母孕期宫内感染有一定的关系，比如孕妇在怀孕期间有一些病毒感染，或是有一些躯体的疾病，接触了酒精、吸烟、有毒物质，可以对胎儿造成影响，导致后期精神分裂症的发生，在分娩过程中的产伤，比如难产、窒息、产钳助产也是精神分裂症发病的原因，与脑发育不良、心理社会因素也密切相关。
