引起隐匿性阴茎的病因目前还未完全清楚，可能与camper筋膜及脂肪层的变化、camper筋膜和阴茎筋膜之间的疏松组织出现异常脂肪组织积累、阴茎内膜的弹性纤维增厚及弹性变差等有关。
1、camper筋膜及脂肪层的变化会导致阴茎部变薄，而且会持续向阴茎根部发展，甚至达到阴茎体；2、camper筋膜和阴茎筋膜之间连接的疏松组织中出现异常的脂肪组织积累，阴茎的肉膜与阴茎深筋膜间存在脂肪组织，导致内膜无法从阴茎根部附着在阴茎体上，而是直接附着在阴茎体的前端或阴茎的颈部，此时阴茎肉膜、阴茎体和耻骨联合之间呈现为三角形，从而形成隐匿性阴茎的锥状外形；3、阴茎内膜中的弹性纤维增厚并且弹性变差，会加重隐匿性阴茎患者的患病程度。
