根尖周炎的治疗是根管治疗，和牙髓炎的根管治疗步骤一样，但是其中稍微有些区别，牙髓炎主要是感染物质在牙髓上，在根部没有明显的细菌感染，所以治疗过程中对髓腔的清理去除、感染组织感染的控制比较容易，而对于根尖周炎来说，整个牙髓组织都是坏死的，这时细菌已经侵入了整个根管系统，清除感染甚至细菌就非常困难。
虽然同时都是根管治疗，但是根尖周病的根管治疗预后比牙髓炎的根管治疗差，根尖周病虽然发生在根尖周围组织，但是感染来源于牙髓腔，所以只要把牙髓腔的感染组织去除干净后，根尖周的病变随着机体组织的愈合抵抗力的作用，自己逐渐就会愈合。
