消化性溃疡一般采用药物治疗，消化性溃疡治疗的药物包括抑酸药、根除幽门螺杆菌的药物、以及胃黏膜保护的药物，抑酸的药物包括两类，H2受体阻断剂是目前消化性溃疡治疗中常用的药物之一，包括甲氰咪胍、雷尼替丁、尼扎替丁和法莫替丁，但是目前最常用的是PPI制剂，也叫抑酸质子泵抑制剂，是消化性溃疡目前首选的治疗药物，起效快，一般2～3天之后病人的症状就会缓解，作用机制是PPI入血后，可以和胃粘膜上的壁细胞泌酸小体结合，在酸性环境下PPI就会激活，与质子泵氢钾ATP酶结合，抑制氢钾ATP酶，达到了抑制胃酸的作用。
第二种治疗方法是根除幽门螺杆菌，目前根除幽门螺杆菌的治疗主要采用铋剂的四联疗法；第三种药物是胃黏膜保护剂，一种是铋剂，一种是弱酸性的抗酸剂，铋剂连续使用时间不得超过8周，对肾功有一定的损害，肾功能不全者不能使用铋剂，第二种胃黏膜保护剂是弱酸性的抗酸剂，起效快，可以迅速中和胃酸，在短期内能够达到止痛的作用。
