氯霉素眼药水的副作用比较大，长期点用，它通过鼻腔吸收到体内，会抑制骨髓造血，尤其对于孩子来说非常严重，目前氯霉素眼药水在市面上已经非常少见了，医院目前也很少给患者使用，另外一个问题就是长期点这类眼药，它会破坏眼表的微环境，造成干眼、眼睛红、不舒服，所以不建议患者长期大量的使用氯霉素眼药水。
对于氯霉素眼药水来说，在过去的80年代，可能在医院非常普及，作为预防性用药，或者治疗性用药，包括初衷的冲洗都很常见，但是随着对它的了解越来越深入，目前它已经逐渐的退出了医疗领域，在临床上已经越来越少地使用了。
